Евгения Петровна Шеболкина родилась в 1969 году в селе Выльгорт Сыктывдинского района Коми АССР. В 1991 году окончила филологический факультет, а в 1997 году — юридический факультет Сыктывкарского государственного университета. В 1991–1994 годах обучалась в очной аспирантуре СГУ. В 1994 году защитила диссертацию на соискание учёной степени кандидата филологических наук по специальности «Языки народов Российской Федерации» (коми язык). В 2006 году присвоено учёное звание доцента по кафедре филологического образования.

В 1995–1997 годах — старший преподаватель СГУ, заведовала факультетом довузовского образования СГУ. С 1997 по 2016 годы работала в Коми республиканском институте развития образования в должности доцента, заведующего кафедрой филологического образования, проректора по научно-методической деятельности (2010), первого проректора (2013), ректора (2013-2016). Под её руководством институт существенно нарастил инновационный потенциал: разработаны новые образовательные программы повышения квалификации и профессиональной переподготовки, выстроена современная, гибко реагирующая на запросы педагога персонифицированная система повышения квалификации на договорной основе, создана сеть республиканских инновационных площадок, в том числе практикоориентированных стажировочных площадок института на базе лучших образовательных организаций.

В 2017 году — начальник Управления культуры администрации МО МР «Сыктывдинский». С 2017 года — директор Института экономики, управления и информационных технологий ФГБОУ ВО «Ухтинский государственный технический университет», с 2018 года — проректор по учебной работе УГТУ.

Награды: Почётная грамота Министерства образования РФ (2001), Почётный знак «За милосердие» Администрации МО МР «Сыктывдинский» (2010), Почётная грамота Республики Коми (2016).