Суриков задумал картину «Покорение Сибири Ермаком» в 1891 году. 

Историческая картина 1890-х годов принципиально не стремится к документальной точности в показе исторического события. Историческая хроника создает для картины только каркас сюжета — и не более. Ведь художник — это не историк, а мастер образа.

Речь идет здесь об угадывании духа времени и его концентрированном образном выражении в произведении. Так, картина «Покорение Сибири Ермаком» не воспроизводит события похода Ермака буквально. Художник хотел «угадать» в картине нечто такое, что сейчас мы назвали бы «передачей атмосферы».

События, вокруг которых разворачивается сюжет картины, происходили в 1581–1582 годах, в последние годы правления Ивана Грозного. 

Русское царство в этот период активно расширяло свои границы на восток. А на востоке, на территории Западной Сибири, к XVI веку существовали несколько ханств и государств разной степени централизации. Все они образовались в ходе распада в конце XV века государства Золотой Орды. 

Одним из таких осколков Орды было Сибирское ханство. 

В 1770-е годы Сибирский хан Кучум осуществил несколько разорительных набегов на приуральские территории, контролируемые тогда русскими купцами Строгановыми. В ответ, по инициативе Строгановых, 1 сентября 1581 года наемный отряд казаков под командованием атамана Ермака Тимофеевича выступил в ответный военный поход против хана Кучума. 

26 Октября следующего 1582 года на реке Иртыш, рядом с поселением Кашлык — столицей Сибирского ханства — произошел решающий бой между войском хана Кучума и отрядом Ермака. Войско Кучума было разбито, хан вынужден был бежать, казаки Ермака заняли его столицу Кашлык. Сибирское ханство было разгромлено. Поход Ермака продолжался и дальше. 

В картине Суриков пытается представить, как могла бы выглядеть битва под стенами Кашлыка в октябре 1582 года. 

Это и было то самое «угадывание» духа времени, столь характерное для искусства Сурикова и столь ценимое в историческом романтизме, господствовавшем в живописи того времени.

Картина была закончена в 1895 году и впервые показана на 23 выставке товарищества Передвижников. 

В этом же году картина была приобретена Николаем II и в 1897 году передана в Русский музей.