Он родился в 1860 году в небольшом украинском городе Нежин. Детство провел в родовом имении у деда по матери, а с восьми лет жил вместе с родителями. Первые навыки рисования получил в гимназии, но считал живопись увлечением и больше тяготел к истории. После гимназии поступил в Нежинский историко-филологический институт, однако после четвертого курса подал документы в Императорскую академию художеств.

Отбор он не прошел и стал вольным слушателем батальной мастерской художника Богдана Виллевальде. Во многом это определило направление творчества Николая Самокиша, который уже через несколько десятилетий прославился как талантливый живописец-баталист, автор таких полотен, как «Наполеон оставляет армию в Сморгони», «Переход через Неман», «Эпизод из битвы при Малом Ярославце». Позже художник неоднократно возвращался к военной тематике, нередко делая наброски во время сражений Первой мировой войны. На фронт он ушел в качестве военного корреспондента.

Николай Самокиш пробовал свои силы в графике и офорте, иллюстрации и анималистике. Его работы украшали издания произведений Николая Гоголя и Александра Пушкина, Льва Толстого и Петра Ершова. В 30 лет за картину «Табун орловских рысистых маток» был удостоен звания академика. На долгие годы анималистика стала излюбленной темой его творчества. Он создал целый цикл произведений, посвященных лошадям. Картина «Тройка», написанная в 1917 году, в полной мере передает беспокойный и своенравный характер этих свободолюбивых животных.

Обосновавшись в Симферополе, художник начинает давать уроки живописи в частном порядке и со временем открывает небольшую студию. Впоследствии она станет настоящей кузницей талантов, подарив миру таких прекрасных живописцев, как Яков Басов, Осип Авсиян, Марк Домащенко. Позже на базе студии было создано Государственное среднее художественное училище, которому присвоили имя Самокиша.

В 1940 году Николай Самокиш был награжден Орденом Красного Знамени, а в 1941 году стал лауреатом Сталинской премии.