Кантонная система управления вводилась в 1798–1865 годах на территории Башкирии. Использовали эту военную форму правления, чтобы укрепить юго-восточные границы России и окончательно усмирить башкирский край. Территория расселения башкир, мишарей, оренбургских и уральских казаков была разделена на кантоны. Эти группы населения по указу 1798 года рассматривались как военные сословия и на них была возложена охрана Оренбургской пограничной линии, построенной в XVIII веке. Эта линия, шедшая от реки Тобол вверх по реке Уй и далее вниз по течению реки Урал до Каспийского моря, была разделена на пять дистанций. Башкирские и мишарские кантоны должны были ежегодно нести службу на первых четырех дистанциях, разделяя частично эту повинность с оренбургскими казаками. На пятой — от Уральска до Гурьева городка служили уральские казаки. 

Всего на территории башкирского края по указу было образовано 21 кантонов: 11 башкирских, пять — мишарских и пять — оренбургских казаков. Они не имели особых наименований и различались только порядковым номером. Например, башкиры Осинского и Пермского уездов вошли в первый кантон, Бирского — в пятый, а Уфимского — в седьмой. Последние в свою очередь делились на юрты — команды. Юрты состояли из деревень. Благодаря введению такой структуры управления правительство усилило контроль над повседневной жизнью башкир и мишарей. 

Основной обязанностью башкирского и мишарского населения стала военная служба. Башкиры и мишари привлекались также к участию в войнах царской России, выполнению тяжелых трудовых повинностей. Кантонное управление упразднили в 1865 году. К 1 февраля 1866 года была закончена непосредственная передача в гражданское ведомство башкир, проживающих на территории пяти (Вятской, Оренбургской, Пермской, Самарской и Уфимской) губерний. Так завершился перевод населения Башкирского войска из военного сословия в гражданское состояние.