Духовное училище, более полное название — Белгородская духовная семинария с миссионерской направленностью, было открыто в 1787 году. Назначенный на Белгородскую кафедру в начале 1787 года Епископ Белоградский и Курский Феоктист (Мочульский) ввел в учебный план малой семинарии в Белгороде предметы полных семинарий и коллегиумов (1788 год). Преосвященный Феоктист построил для Белгородской семинарии в 1801 году в Белгороде двухэтажный каменный корпус напротив Свято-Троицкого кафедрального собора.
Белгородская духовная семинария готовила священнослужителей, православных миссионеров и других работников для учреждений московского патриархата. В 1906 году на базе Белгородского духовного училища епископом Питиримом (Окновым) было открыто отделение Курской духовной семинарии в составе четырех общеобразовательных классов (до 200 человек) в здании Николаевского монастыря. Оно действовало до октябрьского переворота 1917 года.