Основой геологической коллекции музея стала коллекция минералов, собранная геологами Апатитового рудника с первых дней эксплуатации Кукисвумчоррского месторождения, а также коллекция минералов, привезённых из геологических экспедиций по Кольскому полуострову и других районов страны.
За первые два года существования коллекция музея значительно выросла. Целых две витрины занимали апатиты. Рассказывалось в музее о пользе нефелина, молибдена, ловчоррита. Имелись макеты Апатитового рудника, первой обогатительной фабрики, ловчорритовой фабрики. К 1934 году в музее хранилось уже более 5000 экземпляров. Первая запись в Книге отзывов была оставлена Микояном Анастасом Ивановичем. Постоянными посетителями музея были студенты, школьники, а также туристические группы. За 5 месяцев 1934 года, к примеру, музей посетили 1170 человек.Основой геологической коллекции музея стала коллекция минералов, собранная геологами Апатитового рудника с первых дней эксплуатации Кукисвумчоррского месторождения, а также коллекция минералов, привезённых из геологических экспедиций по Кольскому полуострову и других районов страны.

Первым директором музея стал Б. А. Линденер — ученик А. Е. Ферсмана.

В 1938-м году коллекцию минералов Хибинских и Ловозерских тундр из музея Дома Техники в порядке обмена отправили в Кембриджский университет. Также, в 1938 году Вашингтонский национальный музей направил в адрес нашего музея свою коллекцию минералов в обмен на образцы минералов Кольского полуострова. Таким образом, коллекция музея перестала ограничиваться образцами, собранными на территории СССР.

В старом музее можно было также посмотреть на быт саамов на Кольском полуострове в начале ХХ века. Освещён был период интервенции англичан.

Световыми транспарантами была иллюстрирована была космогоническая теория происхождения планет солнечной системы. В отделе развития жизни на Земле пояснялась эволюция органического мира и роль труда в становлении человека.

В последующие годы использование на предприятии новых механизмов и технологий, строительство новых производственных объектов отражалось в экспозиции музея в виде новых макетов, схем, моделей. Так в 1954 году были полностью реконструированы горный и обогатительный отделы. Мощное поступательное наращивание мощностей комбината «Апатит» пришлось на 60-е и 70-е годы. В музее появляются макеты крупнейших цехов предприятия: АНОФ-2 и Центрального рудника.

В 1986 году макет Центрального рудника был вновь заменен на изготовленный мастерами Комбината декоративно-прикладного искусства Ленинградского отделения художественного фонда.

20 марта 2013 года геологический музей открылся в новом здании. Имя «Музейно-выставочный центр АО «Апатит» музей получил в марте 2014 года.

Только экспонируемая минеральная коллекция минералов МВЦ насчитывает более 3500 образцов.

В 2016 году открылась новая интерактивная мультимедийная экспозиция в башне «Путешествие из недр Земли в атмосферу». Наконец-то у горожан появилась возможность подняться на смотровую площадку седьмого этажа часовой башни, при этом получая информацию о строении Земли. В 2018 г. экспозиция была признана лучшей мультимедийной экспозицией и получила Гран-при конкурса музейного мультимедиа «Музейный ГИК».

В 2019 году, в финале всероссийского конкурса «Корпоративный музей», Музейно-выставочный центр Кировского филиала АО «Апатит» признан лучшим корпоративным музеем.
Диплома лауреата в номинации «Апгрейд года» удостоен также проект музея «ГеоПрактик».

С 1932 г. музей был, есть и остаётся визитной карточкой предприятия, но с каждым годом растёт его значимость, как культурного и туристического объекта.