В результате ошеломившего всю Пруссию поражения при Йене и Ауэрштедте союзники потеряли более 20 000 человек убитыми и ранеными, а также 18 000 пленными. Большая часть прусской артиллерии оказалась в руках французов. Было убито, ранено и пленено 20 генералов.
27 октября, то есть менее чем через две недели после йенской катастрофы, император французов с триумфом въехал в Берлин в окружении четырех своих маршалов и нескольких элитных подразделений Великой армии. Моральное состояние пруссаков было столь сильно подавлено, что всего через месяц после начала войны Наполеону сдался прекрасно укрепленный Магдебург. Кроме того, с 15 октября по 5 января 1807 года французам сдались крепости Эрфурт, Шпандау, Штеттин, Кюстрин, Ченстохова, Хамельн, форт Плассенбург, Глогау и Бреславль. Пруссия пала. Победа французского оружия в кампании 1806 года была полной, сокрушительной и безоговорочной. Правительство, генералитет и народ Пруссии были подавлены и отказались от сопротивления императору.
По мнению самого Наполеона, Йена стала третьим самым счастливым днем в его жизни после победы при Маренго и под Аустерлицем. Как отмечал Клаузевиц, Пруссия «погибла из-за своих форм государственного устройства». Феодальное королевство Фридриха Вильгельма III, законсервированное в своем развитии из-за упадка правительственного аппарата и опиравшееся на одни лишь заслуги своих предков, не выдержало столкновения с революционно-новаторским подходом Франции, выраженным как в новой тактике ведения боевых действий, так и в более прагматичном подходе Наполеона при назначении на руководящие посты в армии. После поражения при Йене руководящими кругами были сделаны соответствующие выводы, в результате которых была начата модернизация армии. Среди ее идеологов и претворителей в жизнь были Карл фон Клаузевиц, Герхард фон Шарнхорст и Август фон Гнейзенау.
Итак, Наполеон занял Берлин 27 октября 1806 года. Именно в этот день комендант столицы отдал победителю ключи от города. Взятие Берлина Наполеоном является отправной точкой континентальной блокады, послужившей прекращению любых экономических сообщений между Францией и Великобританией. Сам Наполеон покинул Берлин 25 ноября того же года и проследовал далее в Познань для составления плана дальнейшего победоносного шествия французских войск.
