Ян ван Гойен родился в семье сапожника. Первые уроки живописи получил в 10 лет. В течение двух лет он поменял четырёх учителей живописи: Шилперорт, Ван Сваненбург, де Манн. Гойен продолжил образование в Хорне у мастера пейзажа Виллема Герритса. После поездки во Францию (1615) Гойен в течение года обучался у Эсайаса ван де Велде в Харлеме. В 1618 году Гойен женился в Лейдене на Аннетье ван Ралст и открыл собственную мастерскую. В том же году знакомится с Яном Порселлисом, который оказал большое влияние на формирование молодого художника. 

В 1632 году Гойен вместе с семьёй переехал в Гаагу, где прожил до конца жизни. Часто посещает Бельгию и путешествует по Голландии. В Гааге также художник открывает свою мастерскую. Он становится известен, получает крупные заказы от города и двора. Помимо живописи и продажи собственных работ Гойен занимался оценкой и продажей произведений искусства, а также недвижимостью, земельными участками и торговлей тюльпанами, однако выдающихся материальных успехов не достиг.

Композиции картин ван Гойена, отличающиеся уверенными напряжёнными диагоналями перспективы к линии горизонта, экономность в цвете — практически монохромная палитра, отличающая поздние произведения художника, и просвечивающий грунт придают им невероятную глубину и неповторимое очарование.

Ян ван Гойен был одним из самых плодовитых художников XVII века: сохранилось около 1200 созданных им картин и около 800 рисунков. Он оказал большое влияние на пейзажистов своего века.
Именно благодаря творчеству ван Гойена окончательно сформировался и утвердился стиль национального пейзажа Голландии в живописи. Это стало возможным в результате применения художником новаторских техник воздушной перспективы, тональности, размытости живописи с подчинением единому зеленоватому или светло-бурому тону.