Первое здание Московского университета было построено в 1782–1793 годах по проекту архитектора Матвея Казакова. В 1812 году Москва сильно пострадала от пожара, не уцелел и университет. Перестройкой в модном в то время стиле ампир занялся архитектор Доменико (или Дементий Иванович) Жилярди. Среди знаменитых учеников университета в первой половине XIX века были Александр Грибоедов, Петр Чаадаев, Виссарион Белинский и, конечно, друзья и соратники Александр Герцен и Николай Огарёв. Герцен обладал прекрасной памятью и способностью к языкам. Он с детства в совершенстве владел французским и немецким, позже овладел английским, итальянским, латынью и греческим. Несмотря на эту склонность, Александр Иванович предпочел поступить на физико-математический факультет.

На старших курсах будущий писатель сосредоточился на изучении астрономии. Его дипломная работа называлась «Аналитическое изложение солнечной системы Коперника». Во время учебы Герцен стал участником первой в истории университета публичной демонстрации студенческого протеста. Студенты взбунтовались из-за лекций профессора Михаила Малова. Ученики криками и топотом прогнали преподавателя из аудитории во время занятия.

Причиной конфликта были постоянные грубости Малова в адрес студентов. Герцен, один из зачинщиков бунта, привел студентов своего факультета на помощь ученикам нравственно-политического факультета в качестве «вспомогательного войска». Александра Ивановича, как и других активных участников «маловской истории», заключили в карцер, но в результате конфликт закончился победой студентов: руководство университета решило уволить Малова. В то же время Герцен, Огарёв и еще несколько их сокурсников организовали кружок, пропагандирующий республиканские идеи.

В 1919 году, к 50-летию со дня смерти Герцена, Московский университет решил увековечить память об Александре Ивановиче. Заказ на выполнение его скульптуры получил Николай Андреев. Скульптор предложил сделать два памятника — Герцену и Огарёву, — расположив их в глубине сквера по обеим сторонам от входа в здание МГУ на Моховой улице. Памятники были открыты 10 декабря 1922 года.

В музее представлена копия акварели с изображением Московского университета кисти Дмитрия Никитича Афанасьева, выполненная в 1830 году.