В XVI веке на левом берегу Северского Донца располагался женский скит примерно на тридцать насельниц. Вняв челобитной одной из них, Аполлинарии Прытковой, царь Михаил Фёдорович способствовал основанию в этом месте монастыря в 1622 году. Старица Аполлинария стала настоятельницей, и в 1624 году ее стараниями здесь появилась деревянная церковь Рождества Богородицы, по которой получила название вся обитель.

Долгое время монастырь оставался крайне бедным. В Писцовой книге 1626 года Василий Афанасьевич Керекрейский отмечал «ризы и стихарь полотняные», «сосуды оловянные», «тридцать пять стариц, кормятся Христовым именем».

Жизнь на подаяние продолжалась и в последующие годы, периодически сестры должны были обращаться к государю за помощью. В 1639 году игуменья Марианна сетовала на то, что утвержденные царем земли урезают местные власти, не оставляя монастырю «ни усадища, ни руги никакой»; в ответ царь повелел выдавать монахиням компенсацию по 15 рублей ежегодно, а для обработки монастырских земель поселить на них «пришлых» крестьян. В 1673 году, когда монастырь перевели на другое место, выше левого берега Везелки, «игуменья Офросиньица с сестрами» просили царя Алексея Михайловича пожаловать им соли.

В 1717 году, ссылаясь на то, что «престарелые [старицы] помирают голодною смертию… на свечи и на ладон и на церковное вино великая скудость», игуменья Марфа обратилась к митрополиту Илариону с просьбой отписать обители архиерейскую лесную дачу (ныне Монастырский лес), Лиговскую часовню с образом Богоматери Корсунской. К подаянию и государеву жалованью (в год 30 рублей и «несколько хлеба») прибавились пожертвования паломников, приходящих к чудотворной иконе.

Положение монастыря улучшилось. В 1726 году взамен деревянной была построена каменная церковь с приделом в честь великомученика Иакова Персянина; в 1783-м, при игуменье Нимфодоре, начато строительство каменной колокольни с церковью Казанской Божьей Матери, а в 1804 году, по окончании этого строительства, многолетний плетень решено было заменить каменной оградой.