За август 1999 года чеченские бандформирования были выбиты с территории Дагестана, началось их преследование федеральными войсками уже на территории Чечни. На некоторое время установилось относительное затишье.
30 сентября российские войска перешли границу и начали захватывать территорию Чеченской республики. К ноябрю 1999 года треть территории Чеченской республики были заняты федеральными войсками, а Грозный блокирован. Однако ожесточенные бои проходили в столице республики до начала февраля. Неожиданная атака отряда чеченских сепаратистов на Шали и Аргун в начале 2000 года остановила наступление федеральных войск. С деблокированием Шали и Аргуна бои продолжились, в начале февраля 2000 года чеченские террористы, пытаясь прорваться из окружения в Грозном, понесли большие потери на минных полях, однако всё же смогли выйти в Аргунское ущелье. К марту 2000 года позиции боевиков заметно пошатнулись: их базы снабжения были уничтожены, потери велики, поддержка среди населения уменьшалась, а сами боевики оказались в окружении федеральной группы войск. В таких условиях они решили идти на прорыв двумя большими группами. Однако подобная тактика оказалась неверной, и к началу апреля боевики были рассеяны по всей территории Чечни на мелкие банды. Крупные боевые действия к этому моменту окончились, и бандформирования ушли в леса и долины, стараясь наносить скрытные удары. Банды боевиков ещё оставались на территории Чечни, но не могли переломить ситуацию в свою пользу.
Чеченские сепаратисты продолжили войну против федеральных властей, перейдя к тактике диверсий и террора. Только в первый год после отмены КТО в Чечне произошло пять подрывов на железной дороге, шесть терактов с человеческими жертвами среди мирного населения. Боевики провели несколько крупных рейдов, включая нападение на второй по величине город Гудермес в сентябре 2001 года и атаку отряда Руслана Гелаева на Ингушетию в сентябре 2002 года.
В 2002 году в результате спецоперации ФСБ был ликвидирован лидер иностранных боевиков в Чечне Хаттаб. Два года спустя был ликвидирован и его преемник Абу аль-Валид. В 2006 году был уничтожен последний крупный командир иностранных боевиков Абу Хафс аль-Урдани.
