Обычно художник вдохновлялся реальной природой, но писал картины уже в мастерской — по натурным зарисовкам или по памяти. Известно, что с 1832 года он часто бывал за границей. По словам чешских публицистов, больше всех его манила Швейцария, хотя он бывал в Германии, Франции, Бельгии. Особенно художник любил Альпы: его интересовали водопады, горные озера, различные хижины и живописные уголки на фоне вершин.

Йозефа Навратила, как и всех романтиков, привлекали переходные состояния природы: утренний и вечерний свет, вода в спокойном или бурном состоянии.

На протяжении многих лет Навратил украшал дворцы и особняки настенными росписями. Он работал как художник-декоратор по заказам чешской и немецкой знати. Мастер оформил интерьеры замка в Либехове, в замке Кленова возле Клатов, в Велких Иирнах, замок в Плосковице.

Современники любили его творчество, картины художника хранились во многих собраниях Праги. Но по-настоящему наследие Йозефа Навратила оценили лишь спустя полвека после его смерти — на выставке в Рудольфинуме в 1909 году. Там исследователи впервые собрали достаточно много произведений художника, чтобы оценить его наследие в целом. С тех пор он считается одним из столпов чешской живописи наряду с Йозефом Манесом.