Церковь претерпела реконструкцию, а монастырь получил разные льготы (обеспечение земель, освобождение от уплаты сборов, казенное содержание в пути и в столице). В эти же годы в монастыре поселилась богатая вдова Агафья Семеновна Аничкова — представительница древнего новгородского боярского рода, которая преподнесла в дар монастырю все свои земли, более 2000 десятин и 400 с лишним душ крепостных крестьян. В XVIII веке монастырь потерял все свои владения по церковной реформе, проведенной Екатериной II. До 1764 года в монастыре проживали «престарелые и увечные инвалиды», которых начали присылать на пропитание еще при Петре I. Позднее, в XVIII веке, здесь находилась женская тюрьма. В XIX веке богатство Десятинного монастыря постепенно росло. В это время монастырский ансамбль, состоявший ранее из деревянных построек, постепенно обновился в камне. Все постройки монастыря разновременные. Самая ранняя из сохранившихся построек монастыря — двухэтажные настоятельские кельи.
Основательно разрушенное в годы войны здание восстановлено не полностью, только его южная часть. Сейчас в нем размещается правление новгородского отделения Союза художников России. В южной части монастырской территории находился каменный двухэтажный корпус для сестер.Сейчас это здание используется под творческие мастерские художников. Западная часть монастырской территории ограничена протяженным одноэтажным каменным зданием, которое объединяло в себе трапезную, кухню, хлебопекарню и квасоварню. Интересно отметить, что в 1901 году к этому зданию был проведен водопровод, что в те времена для провинциального Новгорода было редкостью. В северном здании ныне располагается Государственный Музей художественной культуры Новгородской земли.
