Войсковое казачье училище было основано 1 мая 1813 года по инициативе начальника Сибирской пограничной линии и командира отдельного Сибирского корпуса генерала Григория Глазенапа. Своей целью он считал «поставить юношество в познании должностей человека, в добродетели, смиренномудрии и страхе Божием».

 
Изначально училище располагалось в помещении «посольского» дома, в котором размещали приезжавших в Омск азиатских послов. Здание было рассчитано всего на 20 учащихся.

 
Изначально в программу обучения входили чистописание, арифметика, русская грамматика. Позже стали преподавать физику, иностранные языки, военные науки, сельскохозяйственные дисциплины. Число воспитанников к 1817 году выросло до трехсот. В 1825 году училище получило новое официальное наименование — «Училище Сибирского линейного казачьего войска».

 
В 1826 году кадетскую школу перевели в новое здание. В 1828 году к училищу присоединили Азиатскую школу, где готовили «толмачей», то есть переводчиков. С 1829 года в училище стали готовить и топографов. Кроме того, был создан учительско-писарский класс, в котором собирали учеников со средними способностями. Открыли и отделение мастеровых для неуспевающих. Его воспитанники жили отдельно, ходили в худшей одежде, не занимались в классах, не садились за общий стол.

 
В училище также преподавали Закон Божий, историю, географию и статистику. На военных занятиях использовали настоящие ружья и сабли. Воспитанники носили казачью форму, лучших из них отмечали фельдфебельским или унтер-офицерским галстуком. С 1841 года на лето учеников отправляли в лагерь, где они жили по-походному, в палатках. В 1833 году училище завело собственный сад и огород, в котором работали воспитанники.