Здесь представлены палеонтологические экспонаты — останки доисторических животных и окаменелости, возраст которых составляет миллионы лет, а также археологические находки, многочисленные артефакты археологической экспозиции освещают период заселения и освоения территории Республики Башкортостан в каменном веке, представлена эпоха неолита (нового каменного века) — энеолита (медно-каменного века) — периода появления керамики, перехода к производящему хозяйству (скотоводство и земледелие) и формированию на Южном Урале археологических культур, в эпохе бронзы представлены бронзовые орудия, сосуды, украшения, литейные формы эпохи раннего металла, естественно-научные коллекции, предметы быта и культа народов Башкирии. Здесь представлено все этнокультурное разнообразие региона: тюркские, финно-угорские, восточнославянские этносы.
В музее хранят одно из крупнейших в России нумизматических собраний, которое насчитывает более 16 тысяч экземпляров. Среди экспонатов можно увидеть и саблю, которая по легенде принадлежала национальному герою Башкортостана Салавату Юлаеву.
