Проведение таких значительных, масштабных работ не могло осуществляться без взаимодействия с губернскими органами. Кроме служащих Комиссии (куда Сенат направлял геодезистов из Межевой канцелярии и Инженерного корпуса) основная работа по съемкам на местах легла на местных губернских землемеров и архитекторов. Работы проводились в соответствии с Межевой инструкции 1766 года. Составленные на местах проекты отправлялись в Комиссию на утверждение или внесение правок. 

Несмотря на различие в планировке обеих сторон города, градостроительный проект был решен таким образом, что основные улицы Торговой стороны при их выходе к берегам Волхова, продолжаются улицами на Софийской стороне. На плане видно, что сложившаяся на тот момент структура городских улиц будет подвергнута серьезной перестройке, однако план включает все памятники архитектуры (церкви) и учитывает природные особенности города (река Волхов).
Полукольцевые улицы Софийской стороны следуют контуру второго оборонительного пояса. Радиальные улицы сходятся к Кремлевским башням. Композиционным центром Софийской стороны показан Кремль. На плане 1788 года окончательно закрепляется центральное архитектурно-планировочное значение Кремля в градостроительной политике города.
На противоположном берегу, на Торговой стороне недалеко от Гостиного двора (литера D), около Вечевой площади, на плане показан Путевой дворец (литера В), который был построен, незадолго до составления плана, в 1771 году.
За Торговой стороной закрепляется прямоугольно-прямолинейная планировка вместо прежней рядовой, застройка размещается вдоль берега реки Волхов и по дороге на Москву.
На плане территория Новгорода ограничена пределами земляного вала и рвом (цифра 6), в пределы города на Торговой стороне вошли Антониев монастырь (литера Е), Никольская ямская слобода (цифра 4) с дорогой на Москву. На Софийской стороне — в пределах Троицкой ямской слободы (цифра 3), а за рекой Гзенью, город показан в пределах территории Адмиралтейской парусной фабрики, переведенной из Москвы в 1780 году (литера F)

Генеральный план Новгорода 1788 года подготовленный архитектурно-строительной Комиссией положил начало новой градостроительной модели, оказавшей существенное влияние на формирование плановой застройки Новгорода первой половины XIX века. К моменту издания в 1839 году плана Новгорода 1788 года в составе Книги чертежей и рисунков Полного Собрания Законов Российской империи, был подготовлен и утвержден в 1834 году новый Генеральный план Новгорода, который учитывал новые требования, продиктованные как увеличением городских жителей, так и постепенным превращением Новгорода в центр военных поселений.