В 1690 году в Белгороде был заложен каменный Свято-Троицкий собор. Собор был построен в 1707 году и в этом же году освящен митрополитом Иустином. В 1833 году кафедральный Свято-Троицкий собор был обращен в общежительный мужской монастырь второго класса.

Первоначально в состав монастыря вошли Свято-Троицкий собор и архиерейский дом, которые были обнесены оградой с башнями. Первым настоятелем монастыря был архимандрит Иоасаф (в мире Иосиф Юнаков). В 1835 году была построена и освящена каменная теплая Знаменская церковь. Монахи размещались в двух отдельных корпусах. В монастыре имелся свечной завод и две иконокнижные лавки.

В Свято-Троицком соборе находились особенно почитаемые белгородцами святыни: нетленные мощи епископа Белгородского и Обоянского Иоасафа Горленко (с 1754 года) и чудотворная икона Николая Ратного. На территории монастыря располагалось братское кладбище Епископов и настоятелей монастыря. После Октябрьской революции монастырь был закрыт. Мощи Святого Иоасафа были вывезены из Белгорода. В стенах архиерейского дома и покоях Иоасафа разместился детский дом имени III Интернационала, потом уездный музей и воинская часть. Позднее исторические святыни были разрушены, а в 1930 году взорваны остатки стен монастыря. В оставшихся постройках разместились различные организации. В 1950-е годы они пошли под слом, а на их месте были построены двухэтажные жилые дома.