В годы Великой Отечественной войны с перрона вокзала уходили на фронт белгородцы. Приближался суровый октябрь 1941 года. Враг подступал к городу. Предстояло в короткий срок вывезти на восток весь паровозный парк, оборудование, продовольственные запасы, составы с эвакуированным населением. Под огнем немецкой авиации эшелоны уходили в сторону Купянска и далее, в глубокий тыл страны. Железнодорожники обеспечивали подвоз нашим войскам всего необходимого для разгрома врага на Курской дуге.

За период немецко-фашистской оккупации в городе были взорваны и сожжены промышленные предприятия, производственные здания и путевое хозяйство железнодорожного узла. 5 августа 1943 года в честь освобождения Орла и Белгорода прозвучал первый салют. Враг, отступая, варварски разрушил Белгород. Не пощадил он и паровозное депо. Железнодорожникам предстояло в кратчайшие сроки восстановить транспортное хозяйство, чтобы безостановочно снабжать фронт всем необходимым.

 
После освобождения города, начиная с 1943 г. в городе были созданы и работали 405 добровольческие строительные бригады с охватом 4780 человек. Силами строительных бригад восстановлено и приспособлено к жилью 57 тыс. кв. м. Освобожденные от кошмара гитлеровской оккупации, белгородские паровозники, как и все жители города, в ту пору с огромным энтузиазмом трудились на воскресниках, поднимая свой город из руин и развалин. В послевоенные годы под руководством Героя Социалистического Труда М.Л. Бондаренко инфраструктура станции была полностью восстановлена, и было построено новое здание вокзала в 1949 году.