Огненный венец сияет на голове Шестикрылого Серафима, драгоценным узором переливается оперение могучих крыл. Лик его неподвижен, взгляд широко распахнутых глаз суров. Руки воздеты в молении. В одной из них, обвитой змеей, он держит меч, в другой — кадило с горящими угольями. 

Атрибуты, с которыми Михаил Врубель изобразил ангела, указывают на литературный источник, к которому восходит сюжет картины — известное стихотворение Александра Пушкина «Пророк».

В Ветхом завете, в книге пророка Исаии, рассказывается о видении им престола Господа, окруженного Серафимами, занимающими самое высокое место в иерархии ангельских чинов. Один из них взял с жертвенника уголь и, подлетев к Исаии, коснулся его уст со словами: «И беззаконие твое отделено от тебя, и грех твой очищен…». Так Исая был очищен от грехов и подготовлен к пророческому служению.

Монументальность полотна Врубеля, его композиция, сам характер живописи, напоминающий мозаику, говорят о связи с традициями византийско-древнерусского искусства, с которым художник познакомился, реставрируя древние фрески в Киеве. Это искусство оказалось созвучным живописцу, мечтавшему «будить от мелочей будничного величавыми образами».

В последние годы жизни тема пророчества неоднократно возникала в творчестве Врубеля. Сам мастер считал, что талант художника и его призвание должны быть подобны дару и миссии пророка.

«Шестикрылый Серафим» стал последним большим полотном Врубеля, написанным им в промежутке между приступами тяжелой болезни.