Необычен внешний вид письма со следами разрезов и проколов. Причина такой сохранности автографа Гоголя была разгадана профессором Саратовского государственного университета Валерием Владимировичем Прозоровым. Объяснение было найдено в журнальной публикации 1902 года, где Владимир Гиляровский, известный журналист и литератор, готовивший письма Гоголя к печати, поясняет: «Письмо из Палестины все исколотое, с целью дезинфекции: тогда была чума в Палестине».  

В сентябре 1841 года Гоголь закончил работу над первым томом «Мёртвых душ». Примерно в это же время у него возникла мысль посетить Святую землю. В 1842 году он получил благословение на поездку и начал готовиться к путешествию. Подготовка к паломническому путешествию заняла у него почти шесть лет. От встречи со Святой землей он ждал очень многого — он жаждал духовного обновления и укрепления в вере.

Еще будучи в России, Гоголь собирался помолиться у Гроба Господня за всю русскую землю, составил список «Чьи имена вспомнить у Гроба Святого». Во время путешествия Гоголь писал письма родным и друзьям. Из переписки с Жуковским мы узнаём, какое сильное впечатление произвела на него молитва у Гроба Господня. Вот, что он написал в одном из своих писем: «Я говел и приобщался у самого гроба господня. Литургия совершалась на самом гробовом камне. Как это было поразительно!» 

Из переписки с Жуковским же, можно узнать, как разочарован был писатель пейзажами Земли Обетованной. В его воображении после прочтения Библии складывались совсем другие образы, мало соответствующие тому, что довелось увидеть. Анализируя свои впечатления от путешествия, он находил свои чувства смешанными и подавленными. В нём происходила сложная духовная работа. Это видно и из письма к матери и сёстрам, где он сначала пишет фразу, а затем зачёркивает её. 

В письме Гоголя есть зачеркнутая фраза, которой в ранних публикациях письма не приводилось. Изучая текст письма К. А. Федин смог расшифровать зачеркнутую автором фразу. В дневнике писателя есть такая запись от 7 сентября 1933 года: «У меня есть письмо Гоголя из Иерусалима к матери (автограф). В нем несколько слов старательно зачеркнуто Гоголем. Шенрок не приводит этих слов — потому ли, что не разобрал, потому ли, что не хотел нарушать „воли автора“. Я эти слова прочитал: „Сердце черство и душа холодна“, — пишет Гоголь. Он замазывает эти слова — может быть, из страха богохульства, может быть — из любви к матери. Но отчаяние его выражается этим боязливым замазыванием самой сути дела еще более трагически. Он поехал к „святым местам“ — к источнику своих надежд, он при¬коснулся к нему, он ждал окрыления, и вот — ужас! — „сердце черство и душа холодна“, источник не бьет жизни, не изливает веры… Какой холод!.. По-прежнему несчастный обречен на бесплодие…»