В каждом госпитале работала шефская комиссия, занимавшаяся организацией подбора младшего медицинского персонала, стиркой больничного белья, починкой одежды, уходом за пациентами, поиском работы для инвалидов, обеспечением продуктами, автотранспортом и топливом, строительными материалами и т. д.

1 июля 1941 года в клинике No 1 начал работать госпиталь No 1741. На его базе продолжил функционировать переведенный в столицу Башкирии 1-й Московский мединститут имени И. М. Сеченова. Открылись отделения для лечения тяжелых ранений, травматологическое, урологическое, офтальмологическое и ряд других. Сюда перебрались кафедры Башкирского медицинского института, где учились студенты и медики из других больниц.

Эвакогоспитали Башкирии относились к клиникам глубокого тыла, здесь лечили самых тяжелых пациентов. За три года сотрудники приняли 318 поездов со 163350 ранеными, из них около 40% не могли передвигаться без посторонней помощи. Всего через эвакуационные госпитали республики, где трудились 340 врачей и несколько тысяч младшего медперсонала, прошло почти 250 тысяч пациентов.

В августе 1942 года к системе госпиталей присоединились курорт Шафраново и санаторий Янган-Тау. За время работы были созданы и опробованы сотни новых методик лечения и реабилитации. Впервые обосновали применение витаминов, начали использовать антиретикулярную цитотоксическую сыворотку, кипящий парафин и другие методы лечения, бывшие на то время инновационными.
В эвакогоспиталях и других медучреждениях Башкирии работали ученые Академии наук СССР, Академии медицинских наук СССР, Московского, Киевского, Минского и Витебского мединститутов. Среди них были такие светила, как Павел Евгеньевич Лукомский, Алексей Александрович Остроумов, Николай Александрович Семашко, Александр Владимирович Палладин, Борис Григорьевич Егоров. Они вырастили целое поколение высококвалифицированных врачей и ученых республики.