Увлечение русской религиозной философией, глубокое проникновение идеями православия уже в ранней юности определили круг основных тем в творчестве Юрия Люкшина. Будучи глубоко национальным художником, тонко чувствующим трагедию российской истории, особенности, красоту и противоречия русской души, мастер создал свой оригинальный стиль, вобравший в себя традиции иконописи, народной картинки и лубка. Лучшие работы художника наполнены особым внутренним светом благодаря его неоднократным паломничествам по святым местам (Псково-Печорский монастырь, Валаам, Троице-Сергиева лавра, Иерусалим, Афон, Синай).

С 1993 года мастер сотрудничает с издательством «Редкая книга из Санкт-Петербурга». В 1994 году иллюстрирует уникальную книгу «Екклесиаст» (первый вариант), в 2004 году — «Саги об исландцах», в 2008 году — «Поучение об управлении империей византийского императора Константина VII Багрянородного», в 2009 году — «Екклесиаст» (второй вариант).

Уникальные книги, иллюстрированные Юрием Люкшиным, неоднократно экспонировались в музеях.