В 1397 году по заказу посадника Исака Онкифова построена каменная церковь Рождества Богородицы. Храм конца XIV века принадлежал, вероятно, к классическому типу новгородских построек периода республики. Это был четырехстолпный, одноглавый, одноапсидный храм с пониженным западным притвором. Притвор, по-видимому, не был перекрыт сводами.

 
В 1676 году по ходатайству игуменьи Улиты царь Алексей Михайлович предоставил монастырю ряд льгот и выделил деньги на ремонт монастырской церкви. Вскоре же начались строительные работы, в ходе которых церковь значительно изменила первоначальный облик (второй строительный период): храм разделен по высоте на 2 этажа, перекрытых сводами; стены четверика и апсиды надложены; апсида облицована снаружи, стены ее стали толще; западная стена выложена заново; в притворе поставлены два каменных столба для поддержки балочных перекрытий: переложены западный и южный порталы; в нижнем ярусе апсиды пробито окно; вероятно, изменилось завершение фасадов и декор.

В 1788 году, после того, как находившийся неподалеку Варваринский монастырь был упразднен и приписан в Десятинному монастырю, к церкви Рождества с юга пристроен деревянный придел Варвары (по некоторым сведениям с деревянной звонницей).

 
В 1804–1806 годах перестраивается северный придел (Пантелеймоновский). Вероятно, к северной паперти пристроена восточная часть с апсидой, и придел стал как бы самостоятельным храмом (освящен в 1808 году).

 
В 1824–1826 годах при игуменьи Палладии перестроен в камне южный придел (Варвары). В 1840-х годах при игуменье Олимпиаде велись какие-то строительные работы по церкви (характер их неизвестен; установлено, что переделан барабан с главой, церковь и придел Варвары отремонтированы и побелены).

 
В 1940-х годах при игуменье Олимпиаде велись какие-то строительные работы по церкви (характер их неизвестен; известно, что переделан барабан с главой, церковь и придел Варвары отремонтированы и побелены).

 
В 1880 году в апсиде пробиты 2 новых окна, окно подклета заложено. Большие строительные работы велись в 1890–1892 годах при игуменье Агнии (третий строительный период), в результате которых облик храма изменился до неузнаваемости. Стены церкви, столбы и своды выше подцерковья разобраны и выложены заново, стены стали значительно выше, появился второй ярус окон на четверике, поставлен новый массивный барабан с главой, а также четыре небольших глухих барабана на углах, настлан новый кирпичный пол в подклете, полностью изменен декор фасадов, барабана, апсиды, в притворе устроены деревянные хоры; в это время перестраиваются также и приделы, но характер тип перестроек неизвестен. Знаменский придел был упразднен.

 
Сведений о росписи храма не обнаружено.

 
В 1913 году в подклете церкви на средства мещанина Л. Трофимова устроен придел Старорусской Богоматери. Об использовании памятника в советское время (20-40-е годы) данных нет. Известно, что в 1944–1946 годах в церкви размещались склад и инкубаторная станцию.

Памятник серьезно пострадал в годы Великой Отечественной войны (утрачена верхняя часть притвора, угловые барабаны, кровли на церкви и апсиде, заполнения оконных и дверных проемов, полы, частично разрушены своды, в кладке имелись многочисленные трещины). Два года после войны церковь стояла без кровли и продолжала разрушаться. Пострадавшие во время войны приделы были разобраны, вероятно, в 1944–1946 годах. В 1946 году произошла обрушение сводов и барабана. Местные жители стали разбирать на кирпич разрушенную церковь.

Первоначально церковь имела три портала, которые позднее были заложены или растесаны, а в северной и южной стенах церкви пробиты по три больших арки для сообщения с приделами. Подцерковье и основной объем храма были перекрыты сводами (в основном коробовыми), характер перекрытия приделов неизвестен. В притворе в позднее время поставлены два каменных столба для поддержки балочного перекрытия.

 
Фасады были решены в формах классицизма. Они имели трехчастное членение рустованными лопатками, причем центральные трети были в два раза шире боковых. Окна были расположены в два–три яруса. Все окна — прямоугольной формы, обрамлены фигурными наличниками с декоративным замком. Верхняя часть апсиды имела антаблемент (архитрав, гладкий фриз и карниз с сухариками); фасады четверика завершены карнизом с модульонами (архитрав и фриз отсутствовали). 

Четверик церкви был покрыт четырехскатной кровле й, над которой возвышались пять барабанов с главами. Большой центральный барабан был перекрыт куполом и увенчан шейкой (малым барабаном) с главой луковичной формы, аналогичной главам боковых барабанов; его стены были прорезаны восемью большими окнами с полуциркулярным завершением, обрамленными наличниками и архивольтами с замком, и завершены карнизом с сухариками. Угловые барабаны и малый центральный барабан — глухие, были декорированы четырьмя нарисованными окнами. Шары и кресты глав были позолочены.

1. Алешковский М.Х. Отчет об археологическом наблюдении за расчисткой руин ц. Рождества Богородицы в б. Десятинном монастыре г. Новгорода. 1960 г. — Архив ВПНРК, инв. № 2/945