Свое название получил в честь Сицилийской реки Агатис. Образует многочисленные разновидности по цвету, включениям, оптическим эффектам. Самым распространенным агатом является оникс, который в свою очередь разделяется еще на пять разновидностей по цвету. Также существует агат моховой, глазковый, пейзажный, иризирующий. В ювелирных изделиях использовался для изготовления бус, брошей, вставок в серьги и кольца.
Агаты, с одной стороны, отличаются от халцедона — мономинеральных незональных скоплений этого минерала, в том числе и его окрашенных разновидностей, а с другой — от гидротермальных яшм, иногда находящихся в тесной ассоциации с агатами, генетически связанными с основными и средними вулканитами, представляющих собой плотные халцедоновые образования, содержащие кварц, кварцин и различные механические примеси — гётит, гематит, селадонит, хлорит и другие, содержание которых достигает 20-30%, и отличающихся непрозрачностью даже в тонких осколках. Подобные яшмы могут слагать отдельные части агатовых жеод или образовывать в них прослои.