Ш. Худайбердин йорт-музейы 1996 йылда Башҡортостан Республикаһының Милли музейы филиалы булараҡ асылған. Музей XIX быуаттың 60-сы йылдарында генерал-майор К.П. Слотов бойороғо буйынса төҙөлгән, мезонинлы ике ҡатлы ағас йортта урынлашҡан.
1923 йылдың октябрендә Башҡорт АССР-ы Хөкүмәте был йортто Шағит Әхмәтович Худайбердинға — партия һәм дәүлет эшмәкәренә, Башҡортостанда Совет власын ныҡлы аяҡҡа ҡуйыусыларҙың береһенә, БАССР-ҙың беренсе эске эштәр наркомына — бүлә итеп тапшырған. Ул бында бары бер генә йыл йәшәгән, ә ҡатыны һәм ҡыҙы 1960 йылға тиклем йәшәгән.
